1. TNG
Für mich einfach unerreicht: hat meines Erachtens mit ABSTAND die besten Geschichten im Star Trek-Universum (Folgen wie "Der Reisende", "Die alte Enterprise", "Das Experiment", "Datas Tag", "Beweise", "Erster Kontakt", "Der unbekannte Schatten", "Déjà vu", "So nah und doch so fern", "Das zweite Leben", "Besuch von der alten Enterprise", "Das fehlende Fragment", "Phantasie oder Wahrheit", "Verdächtigungen", "Traumanalyse", "Parallelen" oder "Radioaktiv" kann ich mir auch nach Jahren immer wieder und wieder anschauen) und das beste Serienfinale ("All Good Things"). Nicht zu vergessen die Folgen um die Borg (von "Zeitsprung mit Q" über "In den Händen der Borg"/"Angriffsziel Erde" bis "Ich bin Hugh"), Lieutenant Reginald Barclay ("Der schüchterne Reginald" u.a.) und Professor James Moriarty ("Sherlock Data Holmes" u.a.). Außerdem steht - ganz im Gegensatz zu Kirk - immer die Diplomatie im Vordergrund und die Charaktere finde ich am besten herausgearbeitet und am sympathischsten (vor allem Picard und Data).
2. DS9
Die ersten 2-3 Staffeln kann man meines Erachtens fast komplett in die Tonne treten. Gute Folgen wie "O'Brians Identität", "Der Visionär", "Immer die Last mit den Tribbles", "Das Schiff", "Für die Uniform" oder "Die Schatten der Hölle" häuften sich erst mit den Jahren. Ein großer Pluspunkt waren die sympathischen und recht facettenreichen Charaktere: O'Brian, Bashir, Sisko, aber auch Garak und Quark.
3. TOS
War für mich vor TNG und während der ersten beiden Staffeln von TNG noch das Maß aller Star Trek-Dinge, seit der 2./3. TNG-Staffel läuft es bei mir eher unter der Kategorie "großartig-unterhaltsamer Retro-Trash". Vor allem stört mich heute etwas die Cowboy-Mentalität. Kirk & Co. setzen sich stets hohe moralische Ziele, werden ihnen aber fast nie gerecht. Nichtsdestotrotz waren mir die Charaktere sehr sympathisch (mein Favorit war früher immer Dr. McCoy) und einige herausragende Folgen gab es auch.
4. Voyager
Hatte durchaus einige gute Folgen ("Todessehnsucht", "Makrokosmos", "Die Kooperative", "Herkunft aus der Ferne", "Translokalisation", "Wache Momente", "Flaschenpost") und eine vielversprechende Storyline, die aber leider nie ganz ausgereizt wurde. Die letzten beiden Staffeln kenne ich allerdings bis heute nicht (werde ich wohl mit den Staffel-Boxen nachholen). Mit den Charakteren konnte ich nicht immer warmwerden, vor allem nicht mit Janeway, Chakotay und Tuvok. Seven und Torres waren noch ganz erträglich, Paris und Kim durchaus "nett", aber nicht mehr. Richtig genervt hat mich Kes, manchmal auch Neelix. Einziges Highlight: der Doktor.
5. Enterprise
Ich kenne nur einen Teil der ersten Staffel, deshalb der letzte Platz. Die meisten Folgen, die ich gesehen habe, gefielen mir nämlich recht GUT! 
Die Crew hat in meinen Augen Potential, vor allem Scott Bakula hat mich auf Anhieb überzeugt. Hoffentlich dominiert er die Folgen in den nächsten Staffeln aber nicht so stark wie bei den Folgen, die ich bisher gesehen habe, sonst können sich die anderen Charaktere nicht richtig entwickeln, was schlecht für die Serie wäre.
6. TAM (The Animated Series)
Nicht uninteressant, weil einige Geschichten möglich waren, die sich als Realverfilmung aus Kostengründen nicht hätten realisieren lassen, aber ich mag Zeichentrickfilme nicht so gerne (es gibt Ausnahmen, aber TAS ist keine davon).
